Zes jaar lang heeft het museum de beschikking gehad over enkele opslagloodsen op het voormalige mobilisatiecomplex Zwijnsbergen in Elst, Gemeente Rhenen.

Eind 2017 werd het complex verkocht aan een ondernemer en daarmee zijn de vooruitzichten voor het museumdepot op deze locatie onzeker geworden. Na een lange zoektocht naar een vervangende opslagruimte is deze gevonden op de voormalige vliegbasis Soesterberg.

In september 2018 werd namens het museum een huurovereenkomst gesloten met de stichting Het Utrechts Landschap. Shelter 613 ligt in een gebied met een hoge natuurwaarde. Het Utrechts Landschap wenst op deze locatie een extensief gebruik van gebouw en omgeving. Hierom wordt het voor onbepaalde tijd aan het museum verhuurd als museumdepot.

Een eerste zwaar transport vond begin december plaats, toen twee oude luchtmacht-brandweerauto’s vanuit Elst naar Soesterberg werden overgebracht. In 2019 volgen de Würzburg Riese radarschotel, de SGR-radarschotel met bijbehorende besturingskasten, meerdere pallets met vliegtuigwrakstukken een het F-86K Mobile Training Unit en kleinere museumstukken.